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綠色和平組織10月2日提出訴求，認為漁業活動是導致台灣淺海珊瑚（礁）衰退的重要原因，並呼籲政府將漁業管理納入海洋保護區規劃。不過，漁業署回應指出，珊瑚健康惡化的背後因素相當複雜，除了漁業行為之外，氣候變遷導致的海水升溫、人為開發、觀光活動超載、污水排放與海洋廢棄物等，都可能造成珊瑚白化與覆蓋率下降，相關因果關係需要長期調查與科學驗證，不能僅以單一因素下定論。
以小琉球為例，近年遊客人數已超過環境建議承載量，浮潛踩踏珊瑚、生活污水未妥善處理等問題，對生態系的衝擊更為直接。海洋委員會過去曾召開多場會議，盤點造成珊瑚衰退的威脅因子，包括過度捕撈、海洋垃圾累積、水質營養鹽偏高等，顯示衝擊來源具多重性。
漁業署強調，政府已透過法規與地方協力推動保育措施，例如：
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自2013年起，小琉球3浬內海域全面禁止網具作業；
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澎湖南方四島已公告底刺網禁漁區；
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沿岸12浬內禁止採捕珊瑚（礁）；
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全台近岸3浬已禁拖網作業，並輔導漁民轉型至釣具漁業。
此外，漁業署每年補助地方政府加強海域巡護，避免非法採捕及破壞，並協助設立繁殖保育區，確保棲地維護與資源永續。
漁業署最後重申，海洋保護區由不同主管機關依《海洋保育法》管理，政策制定應以科學數據為依據，而非片面推測，否則可能造成社會誤導。未來將持續透過禁捕、巡護與漁業轉型，兼顧漁民生計與生態保育，維護珊瑚礁生態系的長遠發展。
綠色和平的訴求凸顯了「生態優先」與「產業發展」之間的矛盾，而漁業署的回應則提醒社會必須謹慎看待環境衝擊的來源。台灣的淺海珊瑚正同時承受氣候變遷、觀光壓力與漁業行為的多重挑戰，若政策僅聚焦在單一面向，恐難以全面解決問題。未來關鍵在於如何在觀光承載量、漁業轉型與環境保護之間取得平衡，並以長期數據監測作為決策依據。